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Seis años después, Fernando Manzanillo Prieto regresa a la Secretaría General de Gobierno para encargarse de la política interna del estado, luego de que el gobernador interino Guillermo Pacheco Pulido lo nombró titular de la dependencia.
Manzanilla Prieto regresa a la oficina de la que salió en 2013 para coordinar la campaña a la alcaldía de Antonio Gali Fayad, desapareciendo de la escena política posterior a esta encomienda, tras romper relaciones con el entonces gobernador Rafael Moreno Valle Rosas.
